要开启口袋妖怪特别篇赤的三周目内容，首先需要完成二周目的主线剧情并击败相应的联盟冠军。三周目解锁后，玩家将进入全新的剧情线与支线任务，包括捕捉高等级神兽、探索隐藏地图以及触发特殊事件。关键触发点通常位于长盘市或特定岛屿，例如在二号道路的花海场景中可遭遇100级的雪米与冥王龙齐拉蒂娜的剧情战斗，这是三周目独有的神兽捕捉机会。
三周目的支线任务往往与时空回溯或传说宝可梦相关，例如在杰可罗拉群岛可触发超梦与盖诺赛克特的收服剧情，而榴柑岛则涉及时间管理者等特殊任务。部分支线需要完成前置条件，如携带特定道具或队伍成员，例如七彩羽毛是解锁凤王迷宫的必备物品。三周目新增的迷宫层数普遍较高（如99层的超梦迷宫），需提前强化队伍配置。
游戏内关键NPC的对话是推进三周目的重要线索。例如在枯叶市巷口的老太婆处可触发梦幻任务，而碰柑岛的剧情则需与特定角色交互才能激活时空旅行支线。部分神兽捕捉需通过连续挑战完成，如三圣柱需在特定迷宫中击败并合成音盒后才能遭遇梦幻。注意三周目部分任务存在隐藏触发机制，需反复探索地图或调整游戏内时间。
三周目的战斗难度显著提升，建议队伍中配置具备催眠或控场技能的宝可梦，如蚊香蛙的催眠术可有效应对高等级野生遭遇。神兽的捕捉成功率与队伍等级、精灵球种类密切相关，提前储备高级球或大师球是稳妥策略。完成三周目全部主线与支线后，可解锁最终剧情篇章，如扭曲的命运或孤苦伶仃等深度叙事内容。
