口袋妖怪火红的七岛任务是一段位于主线通关后的扩展冒险剧情，它开启了关都地区以南一系列岛屿的探索。要触发这段旅程，你需要先完成游戏的一周目，即击败石英高原的四天王成为冠军。大木博士会在真新镇的研究所为你升级图鉴，这个前提是你已经收集了至少60种不同的宝可梦。图鉴升级完毕后，前往枯叶市的码头，那里将有一艘船载你前往此次冒险的起点——第一岛。
抵达第一岛后，你需要直奔岛上的宝可梦研究所，与那里的研究员对话。他会交给你一份关键道具——通行证，凭借它你才能自由乘船往返于各个岛屿之间，这是探索七岛的通行证。拿到通行证后，乘船前往第二岛，你会遇到一位焦急的父亲，他的女儿走失了。接受他的请求，立刻坐船赶往第三岛。在第三岛，会遇到挡路的暴走族，击败他们后进入岛上的森林深处，找到被野生宝可梦吓坏的小女孩，通过战斗解决危机后将她安全带回到第二岛的父亲身边。作为酬谢，你会得到一块月之石。
完成寻人任务后，转向第四岛的探索。下船后可能会遇到小茂的提示。这座岛屿的重点在火山区域，你需要顺着山路向上，在岔路口选择右转，会发现火箭队的成员。击败他们后进入山洞，便能找到任务关键物品之一的红宝石。但火箭队会再度出现并抢走宝石，不过他们会留下一条密码线索，务必牢记这条密码，它在后续剧情中至关重要。此后，前往第五岛，在岛屿左侧与一位老伯交谈，有机会获得一个宝可梦的蛋。
接下来的核心任务是找回被夺走的宝石并恢复通讯功能。你需要坐船前往第六岛，通过冲浪和探索，在一个需要按照特定顺序推动岩石的洞穴迷宫深处找到蓝宝石，但宝石同样会被火箭队抢走，并得到另一段密码。带着密码返回第五岛，在一处仓库门前输入密码，进入其中击败火箭队，最终夺回蓝宝石。携带蓝宝石回到第一岛的研究所，将其交给研究员，此举会修复两个地区之间的宝可梦通讯交换功能，为你的收集之路扫清障碍。整个七岛之旅的尾声在第七岛，那里有一个布满石头的洞穴，通过解谜将石头推到正确位置，可以进入深处遇见并收服神秘的未知图腾。
